面積が減るので境界線はもっと隣地側ではないのでしょうか。

うちの面積が減って隣地の面積が増えている状況であれば、
境界線はもっと隣地側（北側）ではないのでしょうか？

このご質問への回答は場合分けが必要となります。

1. 法務局の地積測量図や関係図面と照らし合わせて現地の寸法との誤差が大きいため、
   明らかに境界線がずれている状況
2. 地積測量図寸法とおおむね一致している場合
3. 地積測量図等、資料がない場合

今回の質問者様は３の地積測量図等が備わりついていない土地でした。

登記の面積は地租改正の際に測量されたものから始まり、
その後土地の測量、分筆等により面積の書き換えが行われます。
地積測量図が備わりついていないということは昔からの記載面積のままであり、
現在の測量精度と昔の測量手法とでは面積の誤差が出てしまうことは致し方ありません。

測量地と隣地との面積比較は、境界線を推測するときの参考になりますが、
ブロック塀があったり既設の杭があったりする場合は、その現状が境界であることがほとんどです。

すなわち、登記面積が不正確であり、今回測量した面積が正しい面積だったという結論です。
（土地がとられたというわけではありません）

これは一例にすぎず、さまざまな資料検討、経緯の確認、測量による調査により判断していく
専門性の高い判断、検討を要します。

何かご不明な点がございましたら、遠慮なくお問い合わせください。

土地家屋調査士法人トチプラス
池富嗣勇